生化培養箱發酵管內裝有單倍或者三倍乳糖蛋白胨培養液，并在內部倒置有小玻璃管。每個樣品采用三個不同的水樣量來接種，同一接種的水樣量至少要有五管，然后將水樣再分別接到裝有乳糖蛋白胨培養液的發酵管里，在37℃±0.5℃下培養24h±2h。
  生化培養箱的乳糖可以起到選擇的作用，因為很多細菌是不能夠發酵乳糖的，而大腸菌群能夠發酵乳糖并能夠產生酸產生氣。培養液中適當加入溴甲酚紫以作為酸度指示劑，細菌產酸后，培養液中原來的紫色會變成了黃色。
  生化培養箱產酸產氣的發酵管是表明試驗為陽性的，如果當倒管內產氣不是非常明顯，可輕拍發酵管，有小氣泡升起的時候既是為陽性。
復發酵實驗：
  用初發酵試驗陽性結果的生化培養箱的發酵管加以輕微振蕩，用3mm的接種環將培養物(2-3環)轉接到EC培養液之中，在44.5℃±0.5℃下培養24h±2h(提高培養溫度可造成不利于來自自然環境的大腸菌群的生長)。培養后立即觀察，如果發酵管產氣則證實為糞大腸菌群陽性。